Ext Ops Panel
Открыть панель

io.github.mrfentmen/pathway-commons-mcp

Pathway Commons graph search: find pathways, proteins and complexes by name

MCP-сервер · от mrfentmen

Коротко

io.github.mrfentmen/pathway-commons-mcp: MCP-сервер, издатель mrfentmen. Витрин, которые мы читаем и где он опубликован: 1 (Official MCP Registry). Мы впервые увидели его 2026-10-28 и с тех пор изменений не фиксировали. Данные нашего прохода по витринам на 2026-11-06.

Что просит

  • Работает на вашем компьютере

Ни одна из витрин, которые мы читаем, не публикует его инструменты или настройки, которые он просит.

Что объявляет, просит и запускает, полностью

Устанавливайте плагины только от разработчиков, которым доверяете. Мы показываем то, что публикуют витрины, и не проверяем плагины.

Работает с

  • Claude Code
  • Codex
  • Cursor
  • VS Code
  • Copilot CLI

Ссылка в один клик открывает клиент, и он просит подтвердить, прежде чем добавить сервер.

По маркетплейсам, где он опубликован, и объявленному транспорту MCP, как их документирует каждый клиент. Плагины мы не тестируем.

Подключить

Команды и конфигурации собраны только из того, что объявляют витрины. Мы не запускаем их за вас и не проверяем плагины.

Как локальный MCP-сервер: пакет npm

Собрано из того, что объявляет Official MCP Registry.

Claude CodeТерминал
claude mcp add --transport stdio pathway-commons-mcp -- npx -y @mrfentmen/pathway-commons-mcp
Codex~/.codex/config.toml
[mcp_servers.pathway-commons-mcp]
command = "npx"
args = ["-y", "@mrfentmen/pathway-commons-mcp"]
Cursor~/.cursor/mcp.json
{
  "mcpServers": {
    "pathway-commons-mcp": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@mrfentmen/pathway-commons-mcp"
      ]
    }
  }
}

Где опубликован

ВитринаСтатусВерсияЧислаПроверенВпервые замечен
Official MCP Registry (Открыть запись реестра) Опубликован 1.0.1 Форки (GitHub): 0
Звёзды (GitHub): 0
Не помечен

Каждое число принадлежит своей витрине и никогда не складывается с числами других витрин. Если витрина число не публикует, мы его не показываем: нет числа не значит ноль.

Что менялось

  1. Стал продуктом, за которым мы следим
  2. Official MCP Registry: появился

Похожие плагины

Продукты, чьи собственные названия, описания, инструменты и скиллы ближе всего по смыслу к этому, на всех витринах, которые мы читаем. Близость упорядочена только внутри этого списка.

  • reactome-mcp io.github.mrfentmen/reactome-mcp

    Keyless MCP server for Reactome: search biological pathways, get pathway details, species,...

    от mrfentmen · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает почти ту же задачу

  • BioMASS ODE Model Builder

    Construct, inspect, visualize, and simulate evidence-backed ODE models with BioMASS

    от marcorusc · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает почти ту же задачу

  • kegg-mcp io.github.mrfentmen/kegg-mcp

    Search KEGG genes and compounds, read entries and list their pathways - keyless.

    от mrfentmen · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает почти ту же задачу

  • string-db-mcp io.github.mrfentmen/string-db-mcp

    STRING protein networks: map identifiers and list interaction partners with confidence scores

    от mrfentmen · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает почти ту же задачу

  • opentargets io.github.nickzren/opentargets

    Read-only Open Targets: targets, diseases, drugs and evidence by name or ID. No API key needed.

    от nickzren · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, PyPI (MCP servers) · Решает почти ту же задачу

  • kegg-mcp-server

    Query the KEGG bioinformatics database — pathways, genes, compounds, drugs, enzymes, diseases, reactions, and more via 34 read-only MCP tools. No API key required.

    от Lucas Servi · Пакет плагинов

    Опубликован: Community GitHub marketplaces · Решает почти ту же задачу

  • AlphaFold Sovereign MCP

    MCP server for AlphaFold and 8 other biomedical data sources with a local SQLite knowledge graph

    от smaniches · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, PyPI (MCP servers) · Решает похожую задачу

  • STRING Database MCP Server

    Query STRING interactions, enrichment, annotations, homology, and PPI networks.

    от string-db.org · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает похожую задачу

  • mygene-mcp io.github.mrfentmen/mygene-mcp

    Gene annotations from mygene.info: search genes by symbol or keyword and read full records

    от mrfentmen · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает похожую задачу

  • opentargets-mcp io.github.mrfentmen/opentargets-mcp

    Keyless MCP server for Open Targets: gene/disease/drug search, target details, disease associations.

    от mrfentmen · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает похожую задачу

Похожие плагины по витринам

Тот же вопрос к каждой витрине по отдельности: есть ли там аналог этого плагина?

Есть на витрине Claude Code: claude-plugins-community (5)
  • sciagent-skills

    197 ready-to-use life sciences skills that turn Claude into a domain expert for genomics, proteomics, drug discovery, biostatistics, scientific computing, and scientific writing…

    от jaechang-hits · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude Code: claude-plugins-community, Community GitHub marketplaces · Решает почти ту же задачу

  • FastMCP server for surgical queries against a vault knowledge graph (NetworkX no

    FastMCP server for surgical queries against a vault knowledge graph (NetworkX node-link JSON).…

    от adelaidasofia · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, Claude Code: claude-plugins-community · Решает почти ту же задачу

  • Gnosis MCP

    Zero-config MCP server for searchable documentation. SQLite or PostgreSQL.

    от nicholasglazer · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, Claude Code: claude-plugins-community, PyPI (MCP servers) · Решает почти ту же задачу

  • compact-knowledge-graph-ckg

    Build and query Compact Knowledge Graphs directly in Claude Code. Includes a skill to convert any CSV into a CKG and an MCP server with 8 pre-built domains. 42x more efficient…

    от Yarmoluk · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude Code: claude-plugins-community · Решает почти ту же задачу

  • nagomi

    Forensic-grade PubMed research engine for Claude Code. Search 36M+ biomedical articles with PICO-structured queries, synthesize evidence with GRADE confidence ratings, critically…

    от avivlyweb · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude Code: claude-plugins-community · Решает почти ту же задачу

Есть на витрине Claude Code: claude-plugins-official (5)
  • boltz

    Predict structures, screen molecules and proteins, and design binders with Boltz from Claude Code.

    от boltz-bio · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude Code: claude-plugins-official, Claude Code: claude-plugins-community · Решает почти ту же задачу

  • figma

    Figma design platform integration. Access design files, extract component information, read design tokens, and translate designs into code. Bridge the gap between design and…

    от figma · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude Code: claude-plugins-official, Official MCP Registry, Claude: knowledge-work-plugins, Copilot CLI: github/awesome-copilot · Решает почти ту же задачу

  • mcp-server io.github.cap-js/mcp-server

    Model Context Protocol (MCP) server for AI-assisted development of CAP applications.

    от cap-js · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, Claude Code: claude-plugins-official, Claude Code: claude-plugins-community · Решает почти ту же задачу

  • exa

    Exa AI web search, deep research, and content extraction. Provides MCP tools and research skills for comprehensive web search, people discovery, company research, academic papers…

    от exa-labs · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude Code: claude-plugins-official, Official MCP Registry, Docker MCP Catalog, Claude: knowledge-work-plugins · Решает почти ту же задачу

  • NVIDIA Skills

    Find the right NVIDIA skill for GPU acceleration, CUDA, AI agents, data loading, training, inference, robotics, Physical AI, Omniverse, simulation, and other NVIDIA-powered…

    от NVIDIA · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude Code: claude-plugins-official, Claude Code: claude-plugins-community, Community GitHub marketplaces · Решает почти ту же задачу

Есть на витрине Claude: knowledge-work-plugins (5)
  • Bio Research

    Connect to preclinical research tools and databases (literature search, genomics analysis, target prioritization) to accelerate early-stage life sciences R&D

    от Anthropic · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude: knowledge-work-plugins · Решает почти ту же задачу

  • Maven Bio

    Evidence-backed BioPharma research workflows over Maven Bio's drug, trial, company, and deal knowledge graph. Skills for competitive pipelines, indication landscapes, asset…

    от MavenBio · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude: knowledge-work-plugins · Решает почти ту же задачу

  • figma

    Figma design platform integration. Access design files, extract component information, read design tokens, and translate designs into code. Bridge the gap between design and…

    от figma · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude Code: claude-plugins-official, Official MCP Registry, Claude: knowledge-work-plugins, Copilot CLI: github/awesome-copilot · Решает похожую задачу

  • exa

    Exa AI web search, deep research, and content extraction. Provides MCP tools and research skills for comprehensive web search, people discovery, company research, academic papers…

    от exa-labs · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude Code: claude-plugins-official, Official MCP Registry, Docker MCP Catalog, Claude: knowledge-work-plugins · Решает похожую задачу

  • zoominfo

    Search companies and contacts, enrich leads, find lookalikes, and get AI-ranked contact recommendations. Pre-built skills chain multiple ZoomInfo tools into complete B2B sales…

    от Zoominfo · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude Code: claude-plugins-official, Official MCP Registry, Claude: knowledge-work-plugins · Решает похожую задачу

Есть на витрине Codex: openai-curated (openai/plugins) (5)
  • Life Science Research

    General life-sciences research workflows with query routing, evidence synthesis, and optional parallel subagent analysis across genetics, omics, biology, chemistry, structure…

    от OpenAI · Пакет плагинов

    Опубликован: Codex: openai-curated (openai/plugins) · Решает почти ту же задачу

  • Boltz

    Predict structures, screen molecules and proteins, and design binders.

    от Boltz · Пакет плагинов

    Опубликован: Codex: openai-curated (openai/plugins) · Решает почти ту же задачу

  • Life Sciences NGS Analysis

    Guided NGS intake, local execution, and public-pipeline routing for BCL, FASTQ, DNA variant, RNA-seq, single-cell, epigenomics, amplicon, and metagenomics analyses, with deeper…

    от OpenAI · Пакет плагинов

    Опубликован: Codex: openai-curated (openai/plugins) · Решает похожую задачу

  • MagicPath

    Use MagicPath to find, inspect, install, create, and edit UI components from Codex.

    от MagicPathAI · Пакет плагинов

    Опубликован: Codex: openai-curated (openai/plugins) · Решает похожую задачу

  • NVIDIA

    Skills for NVIDIAs ecosystem spans GPU acceleration, CUDA, AI agents, inference, robotics, Physical AI, Omniverse, and simulation. This plugin helps you understand the pieces…

    от NVIDIA · Пакет плагинов

    Опубликован: Codex: openai-curated (openai/plugins) · Решает похожую задачу

Есть на витрине Community GitHub marketplaces (5)
  • kegg-mcp-server

    Query the KEGG bioinformatics database — pathways, genes, compounds, drugs, enzymes, diseases, reactions, and more via 34 read-only MCP tools. No API key required.

    от Lucas Servi · Пакет плагинов

    Опубликован: Community GitHub marketplaces · Решает почти ту же задачу

  • biomcp

    Read-only biomedical search and evidence retrieval across BioMCP's CLI command grammar (genes, variants, trials, articles, drugs, diseases, pathways, proteins, and more). Wires…

    от GenomOncology · Пакет плагинов

    Опубликован: Community GitHub marketplaces · Решает почти ту же задачу

  • sciagent-skills

    197 ready-to-use life sciences skills that turn Claude into a domain expert for genomics, proteomics, drug discovery, biostatistics, scientific computing, and scientific writing…

    от jaechang-hits · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude Code: claude-plugins-community, Community GitHub marketplaces · Решает почти ту же задачу

  • tooluniverse io.github.mims-harvard/tooluniverse

    2,700+ scientific tools for AI scientists: life science, research, literature, and more.

    от mims-harvard · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, Community GitHub marketplaces · Решает почти ту же задачу

  • arxiv-mcp-server io.github.blazickjp/arxiv-mcp-server

    Search arXiv papers, download full text, semantic search, citation graphs, and alerts via MCP.

    от blazickjp · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, PyPI (MCP servers), Community GitHub marketplaces · Решает почти ту же задачу

Есть на витрине Copilot CLI: github/awesome-copilot (5)
  • go-mcp-development

    Complete toolkit for building Model Context Protocol (MCP) servers in Go using the official github.com/modelcontextprotocol/go-sdk. Includes instructions for best practices, a…

    от Awesome Copilot Community · Пакет плагинов

    Опубликован: Copilot CLI: github/awesome-copilot · Решает почти ту же задачу

  • BLEA

    Safe BLE diagnostics, evidence workflows, and guarded automation for AI agents.

    от Nitmi · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, Copilot CLI: github/awesome-copilot · Решает почти ту же задачу

  • figma

    Figma design platform integration. Access design files, extract component information, read design tokens, and translate designs into code. Bridge the gap between design and…

    от figma · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude Code: claude-plugins-official, Official MCP Registry, Claude: knowledge-work-plugins, Copilot CLI: github/awesome-copilot · Решает почти ту же задачу

  • typescript-mcp-development

    Complete toolkit for building Model Context Protocol (MCP) servers in TypeScript/Node.js using the official SDK. Includes instructions for best practices, a prompt for generating…

    от Awesome Copilot Community · Пакет плагинов

    Опубликован: Copilot CLI: github/awesome-copilot · Решает почти ту же задачу

  • kotlin-mcp-development

    Complete toolkit for building Model Context Protocol (MCP) servers in Kotlin using the official io.modelcontextprotocol:kotlin-sdk library. Includes instructions for best…

    от Awesome Copilot Community · Пакет плагинов

    Опубликован: Copilot CLI: github/awesome-copilot · Решает почти ту же задачу

Есть на витрине Copilot CLI: github/copilot-plugins (5)
  • mcp-apps

    Generate MCP App widgets for MCP tools. Produces self-contained HTML widgets using the MCP Apps protocol.

    от microsoft · Пакет плагинов

    Опубликован: Copilot CLI: github/copilot-plugins · Решает почти ту же задачу

  • canvas-apps

    Build Power Apps Canvas Apps using the Canvas Authoring MCP server.

    от microsoft · Пакет плагинов

    Опубликован: Copilot CLI: github/copilot-plugins · Решает почти ту же задачу

  • microsoft-365-agents-toolkit

    Toolkit for building Microsoft 365 Copilot declarative agents — scaffolding, JSON manifest development, and capability configuration.

    от microsoft · Пакет плагинов

    Опубликован: Copilot CLI: github/copilot-plugins · Решает почти ту же задачу

  • workiq

    Query Microsoft 365 data with natural language — emails, meetings, documents, Teams messages, and more.

    от microsoft · Пакет плагинов

    Опубликован: Copilot CLI: github/copilot-plugins, npm registry (MCP servers) · Решает почти ту же задачу

  • model-apps

    Build and deploy Power Apps generative pages for model-driven apps with specialist agents for planning, entity creation, and parallel code generation. Requires PAC CLI >= 2.7.0…

    от microsoft · Пакет плагинов

    Опубликован: Copilot CLI: github/copilot-plugins · Решает почти ту же задачу

Есть на витрине Cursor: cursor/plugins (5)
  • Excalidraw

    Draw and export hand-drawn diagrams from chat.

    от Cursor · Пакет плагинов

    Опубликован: Cursor: cursor/plugins · Решает почти ту же задачу

  • Orchestrate

    Fan large tasks out across parallel cloud agents with planners, workers, verifiers, and structured handoffs.

    от Cursor · Пакет плагинов

    Опубликован: Cursor: cursor/plugins · Решает почти ту же задачу

  • Tailscale

    Let Grok Bot reach MCP servers on your private Tailscale network: connect your own tailnet, or your team's company tailnets turned on by a team admin, with each member using their…

    от Cursor · Пакет плагинов

    Опубликован: Cursor: cursor/plugins · Решает почти ту же задачу

  • Ralph Loop

    Iterative self-referential AI loops using the Ralph Wiggum technique.

    от Cursor · Пакет плагинов

    Опубликован: Cursor: cursor/plugins · Решает почти ту же задачу

  • playwright-mcp io.github.microsoft/playwright-mcp

    Playwright Tools for MCP

    от microsoft · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, Claude Code: claude-plugins-official, Cursor: cursor/plugins, Docker MCP Catalog, Community GitHub marketplaces · Решает почти ту же задачу

Есть на витрине Docker MCP Catalog (5)
  • Kagi Search

    The Official Model Context Protocol (MCP) server for Kagi Search & other tools.

    от kagisearch · MCP-сервер

    Опубликован: Docker MCP Catalog · Решает почти ту же задачу

  • Perplexity API Platform

    Real-time web search, reasoning, and research through Perplexity's API

    от perplexity.ai · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, Docker MCP Catalog, npm registry (MCP servers), Community GitHub marketplaces · Решает почти ту же задачу

  • mcp-neo4j-cypher io.github.neo4j-contrib/mcp-neo4j-cypher

    A simple Neo4j MCP server that allows you to run Cypher queries against a Neo4j database.

    от neo4j-contrib · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, Docker MCP Catalog · Решает почти ту же задачу

  • Amazon Neptune

    Graph database queries with Cypher and Gremlin.

    от awslabs · MCP-сервер

    Опубликован: Docker MCP Catalog · Решает почти ту же задачу

  • mcp-neo4j-data-modeling io.github.neo4j-contrib/mcp-neo4j-data-modeling

    A simple Neo4j MCP server for creating graph data models.

    от neo4j-contrib · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, Docker MCP Catalog · Решает почти ту же задачу

Есть на витрине Official MCP Registry (5)
  • reactome-mcp io.github.mrfentmen/reactome-mcp

    Keyless MCP server for Reactome: search biological pathways, get pathway details, species,...

    от mrfentmen · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает почти ту же задачу

  • BioMASS ODE Model Builder

    Construct, inspect, visualize, and simulate evidence-backed ODE models with BioMASS

    от marcorusc · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает почти ту же задачу

  • kegg-mcp io.github.mrfentmen/kegg-mcp

    Search KEGG genes and compounds, read entries and list their pathways - keyless.

    от mrfentmen · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает почти ту же задачу

  • string-db-mcp io.github.mrfentmen/string-db-mcp

    STRING protein networks: map identifiers and list interaction partners with confidence scores

    от mrfentmen · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает почти ту же задачу

  • opentargets io.github.nickzren/opentargets

    Read-only Open Targets: targets, diseases, drugs and evidence by name or ID. No API key needed.

    от nickzren · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, PyPI (MCP servers) · Решает почти ту же задачу

Есть на витрине PyPI (MCP servers) (5)
  • opentargets io.github.nickzren/opentargets

    Read-only Open Targets: targets, diseases, drugs and evidence by name or ID. No API key needed.

    от nickzren · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, PyPI (MCP servers) · Решает почти ту же задачу

  • AlphaFold Sovereign MCP

    MCP server for AlphaFold and 8 other biomedical data sources with a local SQLite knowledge graph

    от smaniches · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, PyPI (MCP servers) · Решает почти ту же задачу

  • UniProt MCP

    Verifiable, release-aware protein evidence workflows over UniProt and linked scientific sources.

    от smaniches · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, PyPI (MCP servers) · Решает почти ту же задачу

  • Scholar MCP

    Federated academic search, citation traversal, persistent PDF download, and temporary reading.

    от Liyux3 · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, PyPI (MCP servers) · Решает почти ту же задачу

  • Nouz

    Semantic knowledge engine for Obsidian with auto-classification and DAG hierarchy

    от KVANTRA-dev · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, PyPI (MCP servers) · Решает почти ту же задачу

Есть на витрине npm registry (MCP servers) (5)
  • chembl-mcp-server io.github.cyanheads/chembl-mcp-server

    Link compounds to protein targets, rank bioactivity, and look up drug mechanisms and indications.

    от cyanheads · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, npm registry (MCP servers) · Решает почти ту же задачу

  • uniprot-mcp-server io.github.cyanheads/uniprot-mcp-server

    Protein research over UniProtKB: search by function, fetch curated records, map IDs, proteomes.

    от cyanheads · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, npm registry (MCP servers) · Решает почти ту же задачу

  • BioMCP-TS

    Biomedical MCP server: genes, variants, trials, literature, patents, optional SQL/R/biowasm tools.

    от yeyuan98 · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, npm registry (MCP servers) · Решает почти ту же задачу

  • google-surf-mcp io.github.HarimxChoi/google-surf-mcp

    Web, academic and code search with graph RAG, data lineage, ontology and cross-project schema links.

    от HarimxChoi · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, npm registry (MCP servers) · Решает почти ту же задачу

  • protein-mcp-server io.github.cyanheads/protein-mcp-server

    Federated protein structure & annotation across experimental (PDB) and predicted (AlphaFold) models.

    от cyanheads · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, npm registry (MCP servers) · Решает почти ту же задачу

Найдено по смыслу, а не по общему коду или репозиторию: похожие плагины остаются разными продуктами, и это не обзор и не рекомендация.

Хотите такой знак у своего плагина в нашем каталоге?

Докажите, что поддерживаете его, файлом в репозитории, файлом на вашем домене или DNS-записью, и сможете показать этот знак на карточке, а ещё живые баннеры для сайта и README. Как проходит подтверждение

Ещё вы будете получать уведомления, когда витрина добавит плагин, снимет его, изменит отметку verified или список того, что он просит, а его удалённый endpoint встанет на мониторинг как веб-сервис.

Данные витрины Official MCP Registry. Числа взяты из наших регулярных обходов витрин, последняя проверка . Контакты издателей плагинов мы не публикуем.

Откуда данные: как устроен каталог