Ext Ops Panel
Открыть панель

ENCODE Toolkit

20 MCP tools + 48 skills for ENCODE Project genomics — search, download, pipelines

MCP-сервер · от ammawla

Подключить Сравнить Это мой

Коротко

ENCODE Toolkit: MCP-сервер, издатель ammawla. Витрин, которые мы читаем и где он опубликован: 2 (Official MCP Registry, Community GitHub marketplaces). Мы впервые увидели его 2026-10-11 и с тех пор изменений не фиксировали. Данные нашего прохода по витринам на 2026-10-13.

Что просит

  • Работает на вашем компьютере

Ни одна из витрин, которые мы читаем, не публикует его инструменты или настройки, которые он просит.

Что объявляет, просит и запускает, полностью

Устанавливайте плагины только от разработчиков, которым доверяете. Мы показываем то, что публикуют витрины, и не проверяем плагины.

Пакет

npm encode-toolkit (encode-toolkit на npm)

  • Загрузки npm за неделю: 67 (2026-10-13)
  • Загрузки npm за месяц: 838 (2026-10-13)
  • Последняя версия на npm: 0.3.4, опубликована 2026-09-21
  • Объявленной версии 0.3.0-beta.5 нет на npm

Данные npm взяты из публичного реестра npm (registry.npmjs.org, api.npmjs.org). Каждое число принадлежит своему реестру и никогда не складывается с другим. Реестр, который не публикует число, ничего не показывает: нет числа не значит ноль.

Работает с

  • Claude Code
  • Codex
  • Cursor
  • VS Code
  • Copilot CLI
Установить в CursorУстановить в VS Code

Ссылка в один клик открывает клиент, и он просит подтвердить, прежде чем добавить сервер.

По маркетплейсам, где он опубликован, и объявленному транспорту MCP, как их документирует каждый клиент. Плагины мы не тестируем.

Подключить

Команды и конфигурации собраны только из того, что объявляют витрины. Мы не запускаем их за вас и не проверяем плагины.

Как локальный MCP-сервер: пакет npm

Собрано из того, что объявляет Official MCP Registry.

Claude CodeТерминал
claude mcp add --transport stdio encode-toolkit -- npx -y encode-toolkit
Codex~/.codex/config.toml
[mcp_servers.encode-toolkit]
command = "npx"
args = ["-y", "encode-toolkit"]
Cursor~/.cursor/mcp.json
{
  "mcpServers": {
    "encode-toolkit": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "encode-toolkit"
      ]
    }
  }
}

Как плагин Claude Code

Собрано из того, что объявляет Community GitHub marketplaces.

Claude CodeВнутри сессии Claude Code
/plugin marketplace add ammawla/encode-toolkit
/plugin install encode-toolkit@ammawla

Где опубликован

ВитринаСтатусВерсияЧислаПроверенВпервые замечен
Official MCP Registry (Открыть запись реестра) Опубликован 0.3.0-beta.5 Загрузки за месяц (npm): 838
Загрузки за неделю (npm): 67
Форки (GitHub): 5
Звёзды (GitHub): 21		 Не помечен

Каждое число принадлежит своей витрине и никогда не складывается с числами других витрин. Если витрина число не публикует, мы его не показываем: нет числа не значит ноль.

Также есть в одном маркетплейсе сообщества
ВитринаРепозиторийЗвёзды (GitHub)
ammawla ammawla/encode-toolkit 21

Какие маркетплейсы мы читаем и как их проверяем

Что входит в пакет

Так опубликовано на витрине Community GitHub marketplaces.

MCP-серверы: 1

  • encode-toolkit

Скиллы: 47

  • accessibility-aggregation
  • batch-analysis
  • bioinformatics-installer
  • cellxgene-context
  • cite-encode
  • clinvar-annotation
  • compare-biosamples
  • cross-reference
  • data-provenance
  • disease-research
  • download-encode
  • ensembl-annotation
Показать остальные 35
  • epigenome-profiling
  • functional-screen-analysis
  • geo-connector
  • gnomad-variants
  • gtex-expression
  • gwas-catalog
  • hic-aggregation
  • histone-aggregation
  • integrative-analysis
  • jaspar-motifs
  • liftover-coordinates
  • methylation-aggregation
  • motif-analysis
  • multi-omics-integration
  • peak-annotation
  • pipeline-atacseq
  • pipeline-chipseq
  • pipeline-cutandrun
  • pipeline-dnaseseq
  • pipeline-guide
  • pipeline-hic
  • pipeline-rnaseq
  • pipeline-wgbs
  • publication-trust
  • quality-assessment
  • regulatory-elements
  • scientific-writing
  • scrna-meta-analysis
  • search-encode
  • setup
  • single-cell-encode
  • track-experiments
  • ucsc-browser
  • variant-annotation
  • visualization-workflow

Команды: 10

  • browse-files
  • cite-encode
  • compare-experiments
  • cross-reference
  • download-encode
  • log-provenance
  • manage-credentials
  • quality-check
  • search-encode
  • track-experiments

Агенты: 7

  • atacseq-pipeline
  • chipseq-pipeline
  • cutandrun-pipeline
  • dnaseseq-pipeline
  • hic-pipeline
  • rnaseq-pipeline
  • wgbs-pipeline

Что менялось

  1. Появился на новой витрине: Community GitHub marketplaces
  2. Community GitHub marketplaces: появился

Похожие плагины

Продукты, чьи собственные названия, описания, инструменты и скиллы ближе всего по смыслу к этому, на всех витринах, которые мы читаем. Близость упорядочена только внутри этого списка.

  • Genomics MCP

    Bounded genomic data from archives and indexed files, with versioned reference evidence.

    от rewire-bio · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает почти ту же задачу

  • ontomics

    Index your codebase's domain knowledge. 20x fewer tokens, 10x faster.

    от EtienneChollet · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает почти ту же задачу

  • cxg-census-mcp

    MCP server for the CZ CELLxGENE Census. Single-cell, ontology-aware. Community, unaffiliated.

    от MaxMLang · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает почти ту же задачу

  • Bio-Data Parser

    Bioinformatics and genomic sequence parser for clinical research.

    от Evozim · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает почти ту же задачу

  • genefoundry io.github.berntpopp/genefoundry

    MCP gateway federating 22 biomedical MCP servers behind one endpoint: gnomAD, ClinVar, HPO, VEP.

    от berntpopp · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает почти ту же задачу

  • toolcairn-mcp io.github.neurynae/toolcairn-mcp

    MCP server for tool discovery: find, compare, and verify tools across 35+ registries.

    от neurynae · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает почти ту же задачу

  • ensembl-mcp-server io.github.cyanheads/ensembl-mcp-server

    Look up genes, sequences, variants, homologs, and cross-database xrefs from Ensembl REST.

    от cyanheads · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает почти ту же задачу

  • mcp com.gencove.consumer/mcp

    Gencove consumer genomics: profile, kit status, ancestry, PRS, raw data. Requires Gencove auth.

    от consumer.gencove.com · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает почти ту же задачу

  • galaxy-mcp io.github.galaxyproject/galaxy-mcp

    MCP server for Galaxy bioinformatics platform - connect, execute tools, and manage workflows

    от galaxyproject · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает почти ту же задачу

  • codex-mcp-bridge io.github.hampsterx/codex-mcp-bridge

    Wraps Codex CLI as MCP tools: codex, review, query, search, structured, ping, listSessions.

    от hampsterx · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает почти ту же задачу

Похожие плагины по витринам

Тот же вопрос к каждой витрине по отдельности: есть ли там аналог этого плагина?

Есть на витрине Claude Code: claude-plugins-community (5)

  • nodebench io.github.HomenShum/nodebench

    260 MCP tools across 49 domains. AI Flywheel, quality gates, research, web scraping.

    от HomenShum · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, Claude Code: claude-plugins-community · Решает почти ту же задачу

  • socraticode io.github.giancarloerra/socraticode

    MCP server for enterprise local codebase indexing, semantic search, and code dependency graphs.

    от giancarloerra · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, Claude Code: claude-plugins-community, Community GitHub marketplaces · Решает почти ту же задачу

  • mcp2cli

    Convert MCP servers to token-efficient CLI tools with auto-generated SKILL.md files for Claude Code agents

    от myeolinmalchi · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude Code: claude-plugins-community · Решает почти ту же задачу

  • decibel-tools-plugin

    Auto-configures the Decibel MCP server for Claude Code. The Tools plugin installs the MCP connection for you so Claude Code can access Decibel project intelligence, workflows…

    от decibelsystems · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude Code: claude-plugins-community · Решает почти ту же задачу

  • mcpg

    Generate MCP server scaffold and tool implementation code from a natural language description. Describe what tools you want in plain language, choose TypeScript or Python, and get…

    от yn01 · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude Code: claude-plugins-community · Решает почти ту же задачу

Есть на витрине Claude Code: claude-plugins-official (5)

  • Setup MCP Agent Analytics

    Detect an MCP server's language (Python, TypeScript or Go) and instrument it with the matching Pendo SDK so MCP tool calls flow into Pendo Agent Analytics.

    от pendo-io · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude Code: claude-plugins-official · Решает почти ту же задачу

  • mdk-mcp-server io.github.SAP/mdk-mcp-server

    Model Context Protocol (MCP) server for AI-assisted development of MDK applications.

    от SAP · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, Claude Code: claude-plugins-official, Claude Code: claude-plugins-community · Решает почти ту же задачу

  • mcp-apps

    Skills for creating MCP Apps with the MCP Apps SDK

    от modelcontextprotocol · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude Code: claude-plugins-official, Claude Code: claude-plugins-community · Решает почти ту же задачу

  • mcp-server-dev

    Skills for designing and building MCP servers that work seamlessly with Claude. Guides you through deployment models (remote HTTP, MCPB, local), tool design patterns, auth, and…

    от Anthropic · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude Code: claude-plugins-official · Решает почти ту же задачу

  • mcp-tunnels

    Connect Claude to a private MCP server through an Anthropic MCP tunnel. The /create-docker-mcp-tunnel command drives the Docker Compose quickstart end to end: certificates, proxy…

    от Anthropic · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude Code: claude-plugins-official · Решает почти ту же задачу

Есть на витрине Claude: knowledge-work-plugins (5)

  • figma

    Figma design platform integration. Access design files, extract component information, read design tokens, and translate designs into code. Bridge the gap between design and…

    от figma · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude Code: claude-plugins-official, Official MCP Registry, Claude: knowledge-work-plugins, Copilot CLI: github/awesome-copilot · Решает почти ту же задачу

  • gk-cli com.gitkraken/gk-cli

    The GitKraken MCP Server for managing repos, PRs, issues across GitHub, GitLab, Bitbucket and more.

    от gitkraken.com · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, Claude Code: claude-plugins-official, Claude: knowledge-work-plugins · Решает почти ту же задачу

  • Desktop Commander

    MCP server for terminal commands, file operations, and process management

    от wonderwhy-er · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, Claude Code: claude-plugins-official, Docker MCP Catalog, Claude: knowledge-work-plugins, Claude Code: claude-plugins-community, Community GitHub marketplaces · Решает почти ту же задачу

  • Bio Research

    Connect to preclinical research tools and databases (literature search, genomics analysis, target prioritization) to accelerate early-stage life sciences R&D

    от Anthropic · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude: knowledge-work-plugins · Решает почти ту же задачу

  • Qodo

    Bring Qodo's codebase intelligence, coding standards, and code review into your coding agent.

    от qodo-ai · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude Code: claude-plugins-official, Claude: knowledge-work-plugins · Решает почти ту же задачу

Есть на витрине Codex: openai-curated (openai/plugins) (5)

  • Life Sciences NGS Analysis

    Guided NGS intake, local execution, and public-pipeline routing for BCL, FASTQ, DNA variant, RNA-seq, single-cell, epigenomics, amplicon, and metagenomics analyses, with deeper…

    от OpenAI · Пакет плагинов

    Опубликован: Codex: openai-curated (openai/plugins) · Решает почти ту же задачу

  • Life Science Research

    General life-sciences research workflows with query routing, evidence synthesis, and optional parallel subagent analysis across genetics, omics, biology, chemistry, structure…

    от OpenAI · Пакет плагинов

    Опубликован: Codex: openai-curated (openai/plugins) · Решает почти ту же задачу

  • Plugin Eval

    Evaluate Codex skills and plugins from chat with a beginner-friendly start command, local-first reports, token budget explanations, and guided benchmarking.

    от OpenAI Codex · Пакет плагинов

    Опубликован: Codex: openai-curated (openai/plugins) · Решает почти ту же задачу

  • NVIDIA

    Skills for NVIDIAs ecosystem spans GPU acceleration, CUDA, AI agents, inference, robotics, Physical AI, Omniverse, and simulation. This plugin helps you understand the pieces…

    от NVIDIA · Пакет плагинов

    Опубликован: Codex: openai-curated (openai/plugins) · Решает почти ту же задачу

  • Cloudflare

    Cloudflare platform plugin with curated skills for Workers, Wrangler, and Agents SDK plus the official Cloudflare API MCP server.

    от Cloudflare · Пакет плагинов

    Опубликован: Codex: openai-curated (openai/plugins) · Решает почти ту же задачу

Есть на витрине Community GitHub marketplaces (5)

  • engineering-board io.github.GhostlyGawd/engineering-board

    Repository-owned engineering pattern intelligence - 19 MCP tools over stdio.

    от GhostlyGawd · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, Community GitHub marketplaces · Решает почти ту же задачу

  • ai-architect-mcp-spec io.github.cdeust/ai-architect-mcp-spec

    PRD verification and host-driven generation with multi-judge consensus across 17 MCP tools.

    от cdeust · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, Community GitHub marketplaces · Решает почти ту же задачу

  • codabench-mcp io.github.harshitAgr/codabench-mcp

    MCP server for the Codabench REST API — drives a full ML-benchmark participant workflow.

    от harshitAgr · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, Community GitHub marketplaces · Решает почти ту же задачу

  • socraticode io.github.giancarloerra/socraticode

    MCP server for enterprise local codebase indexing, semantic search, and code dependency graphs.

    от giancarloerra · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, Claude Code: claude-plugins-community, Community GitHub marketplaces · Решает почти ту же задачу

  • dossier ai.imboard/dossier

    MCP server for dossier automation standard - enables LLMs to discover, verify, and execute dossiers

    от imboard.ai · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, Community GitHub marketplaces · Решает почти ту же задачу

Есть на витрине Copilot CLI: github/awesome-copilot (5)

  • typescript-mcp-development

    Complete toolkit for building Model Context Protocol (MCP) servers in TypeScript/Node.js using the official SDK. Includes instructions for best practices, a prompt for generating…

    от Awesome Copilot Community · Пакет плагинов

    Опубликован: Copilot CLI: github/awesome-copilot · Решает почти ту же задачу

  • go-mcp-development

    Complete toolkit for building Model Context Protocol (MCP) servers in Go using the official github.com/modelcontextprotocol/go-sdk. Includes instructions for best practices, a…

    от Awesome Copilot Community · Пакет плагинов

    Опубликован: Copilot CLI: github/awesome-copilot · Решает почти ту же задачу

  • kotlin-mcp-development

    Complete toolkit for building Model Context Protocol (MCP) servers in Kotlin using the official io.modelcontextprotocol:kotlin-sdk library. Includes instructions for best…

    от Awesome Copilot Community · Пакет плагинов

    Опубликован: Copilot CLI: github/awesome-copilot · Решает почти ту же задачу

  • figma

    Figma design platform integration. Access design files, extract component information, read design tokens, and translate designs into code. Bridge the gap between design and…

    от figma · Пакет плагинов

    Опубликован: Claude Code: claude-plugins-official, Official MCP Registry, Claude: knowledge-work-plugins, Copilot CLI: github/awesome-copilot · Решает почти ту же задачу

  • php-mcp-development

    Comprehensive resources for building Model Context Protocol servers using the official PHP SDK with attribute-based discovery, including best practices, project generation, and…

    от Awesome Copilot Community · Пакет плагинов

    Опубликован: Copilot CLI: github/awesome-copilot · Решает похожую задачу

Есть на витрине Copilot CLI: github/copilot-plugins (5)

  • mcp-apps

    Generate MCP App widgets for MCP tools. Produces self-contained HTML widgets using the MCP Apps protocol.

    от microsoft · Пакет плагинов

    Опубликован: Copilot CLI: github/copilot-plugins · Решает почти ту же задачу

  • microsoft-365-agents-toolkit

    Toolkit for building Microsoft 365 Copilot declarative agents — scaffolding, JSON manifest development, and capability configuration.

    от microsoft · Пакет плагинов

    Опубликован: Copilot CLI: github/copilot-plugins · Решает почти ту же задачу

  • canvas-apps

    Build Power Apps Canvas Apps using the Canvas Authoring MCP server.

    от microsoft · Пакет плагинов

    Опубликован: Copilot CLI: github/copilot-plugins · Решает почти ту же задачу

  • fabric-skills

    Complete bundle: all Microsoft Skills for Fabric for developers and consumers.

    от microsoft · Пакет плагинов

    Опубликован: Copilot CLI: github/copilot-plugins · Решает похожую задачу

  • azure-devops-copilot-plugin

    Bring Azure DevOps work-item, repository, and pull-request workflows into GitHub Copilot.

    от microsoft · Пакет плагинов

    Опубликован: Copilot CLI: github/copilot-plugins · Решает похожую задачу

Есть на витрине Cursor: cursor/plugins (5)

  • Orchestrate

    Fan large tasks out across parallel cloud agents with planners, workers, verifiers, and structured handoffs.

    от Cursor · Пакет плагинов

    Опубликован: Cursor: cursor/plugins · Решает почти ту же задачу

  • Origin Apps

    Skills for building on the Cursor Origin API. Fetch the live spec first, then follow the Origin rules for credentials, scopes, webhooks, paging, and errors. Includes a skill that…

    от Cursor · Пакет плагинов

    Опубликован: Cursor: cursor/plugins · Решает почти ту же задачу

  • Cursor SDK

    Build apps, scripts, and automations with the TypeScript SDK.

    от Cursor · Пакет плагинов

    Опубликован: Cursor: cursor/plugins · Решает почти ту же задачу

  • pstack

    if you want to go fast, go deep first. pstack helps you write less, but higher quality code. rigorous agent workflows you can parallelize with confidence.

    от Lauren Tan · Пакет плагинов

    Опубликован: Cursor: cursor/plugins · Решает почти ту же задачу

  • Tailscale

    Let Grok Bot reach MCP servers on your private Tailscale network. Sign in to Tailscale to connect your tailnet; Grok Bot joins it as one tagged device and only reaches the hosts…

    от Cursor · Пакет плагинов

    Опубликован: Cursor: cursor/plugins · Решает почти ту же задачу

Есть на витрине Docker MCP Catalog (5)

  • E2B

    Giving Claude ability to run code with E2B via MCP (Model Context Protocol).

    от e2b-dev · MCP-сервер

    Опубликован: Docker MCP Catalog · Решает почти ту же задачу

  • Kagi Search

    The Official Model Context Protocol (MCP) server for Kagi Search & other tools.

    от kagisearch · MCP-сервер

    Опубликован: Docker MCP Catalog · Решает почти ту же задачу

  • SonarQube MCP Server

    Analyze code quality and security with SonarQube Server or Cloud directly in AI assistants.

    от SonarSource · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, Docker MCP Catalog · Решает почти ту же задачу

  • buildkite-mcp-server io.github.buildkite/buildkite-mcp-server

    MCP server exposing Buildkite API data (pipelines, builds, jobs, tests) to AI tooling and editors.

    от buildkite · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry, Docker MCP Catalog · Решает почти ту же задачу

  • Zen

    Bridges multiple AI models and CLIs, enabling orchestrated workflows across Claude Code, Gemini CLI, Codex CLI, and other AI development tools.

    от BeehiveInnovations · MCP-сервер

    Опубликован: Docker MCP Catalog · Решает почти ту же задачу

Есть на витрине Official MCP Registry (5)

  • Genomics MCP

    Bounded genomic data from archives and indexed files, with versioned reference evidence.

    от rewire-bio · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает почти ту же задачу

  • ontomics

    Index your codebase's domain knowledge. 20x fewer tokens, 10x faster.

    от EtienneChollet · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает почти ту же задачу

  • cxg-census-mcp

    MCP server for the CZ CELLxGENE Census. Single-cell, ontology-aware. Community, unaffiliated.

    от MaxMLang · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает почти ту же задачу

  • Bio-Data Parser

    Bioinformatics and genomic sequence parser for clinical research.

    от Evozim · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает почти ту же задачу

  • genefoundry io.github.berntpopp/genefoundry

    MCP gateway federating 22 biomedical MCP servers behind one endpoint: gnomAD, ClinVar, HPO, VEP.

    от berntpopp · MCP-сервер

    Опубликован: Official MCP Registry · Решает почти ту же задачу

Найдено по смыслу, а не по общему коду или репозиторию: похожие плагины остаются разными продуктами, и это не обзор и не рекомендация.

Это ваш плагин?

Добавьте плагин в свои проекты и докажите, что поддерживаете его: файлом в репозитории, файлом на вашем домене или DNS-записью. Вы будете получать уведомления, когда витрина добавит плагин, снимет его, изменит отметку verified или список того, что он просит, а его удалённый endpoint встанет на мониторинг как веб-сервис.

Добавить в свои проекты Что умеет панель

Данные витрины Official MCP Registry. Данные витрины Community GitHub marketplaces. Числа взяты из наших регулярных обходов витрин, последняя проверка . Контакты издателей плагинов мы не публикуем.

Откуда данные: как устроен каталог