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ENCODE Toolkit

20 MCP tools + 48 skills for ENCODE Project genomics — search, download, pipelines

Serveur MCP · par ammawla

Connecter Comparer Revendiquer

Aperçu

ENCODE Toolkit est un serveur MCP publié par ammawla. Places de marché que nous lisons et qui le référencent : 2 (Official MCP Registry, Community GitHub marketplaces). Nous l'avons vu pour la première fois le 2026-10-11 et n'avons enregistré aucun changement depuis. Selon notre passage sur les places de marché du 2026-10-13.

Ce qu'il demande

  • S'exécute sur votre machine

Aucune des places de marché que nous lisons ne publie ses outils ni les réglages qu'il demande.

Ce qu'il déclare, demande et exécute, en détail

N’installez que des plugins de développeurs en qui vous avez confiance. Nous reprenons ce que publient les places de marché et ne testons pas les plugins.

Paquet

npm encode-toolkit (encode-toolkit sur npm)

  • Téléchargements npm par semaine: 67 (2026-10-13)
  • Téléchargements npm par mois: 838 (2026-10-13)
  • Dernière version sur npm : 0.3.4, publiée le 2026-09-21
  • La version déclarée 0.3.0-beta.5 n'est pas listée sur npm

Les données npm proviennent du registre public npm (registry.npmjs.org, api.npmjs.org). Chaque chiffre est celui du registre et ne s'additionne jamais à un autre. Un registre qui ne publie pas de chiffre n'en affiche aucun : pas de chiffre ne veut pas dire zéro.

Fonctionne avec

  • Claude Code
  • Codex
  • Cursor
  • VS Code
  • Copilot CLI
Installer dans CursorInstaller dans VS Code

Un lien en un clic ouvre le client, qui demande une confirmation avant d'ajouter le serveur.

D'après les marketplaces qui le listent et le transport MCP qu'il déclare, tels que chaque client les documente. Nous ne testons pas les plugins.

Connecter

Commandes et configurations construites uniquement à partir de ce que déclarent ses places de marché. Nous ne les exécutons pas pour vous et ne testons pas les plugins.

En serveur MCP local : paquet npm

Construit à partir de ce que déclare Official MCP Registry.

Claude CodeTerminal
claude mcp add --transport stdio encode-toolkit -- npx -y encode-toolkit
Codex~/.codex/config.toml
[mcp_servers.encode-toolkit]
command = "npx"
args = ["-y", "encode-toolkit"]
Cursor~/.cursor/mcp.json
{
  "mcpServers": {
    "encode-toolkit": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "encode-toolkit"
      ]
    }
  }
}

En plugin Claude Code

Construit à partir de ce que déclare Community GitHub marketplaces.

Claude CodeDans une session Claude Code
/plugin marketplace add ammawla/encode-toolkit
/plugin install encode-toolkit@ammawla

Où il est publié

Place de marchéStatutVersionChiffresVérifiéVu pour la première fois
Official MCP Registry (Ouvrir la fiche du registre) Référencé 0.3.0-beta.5 Téléchargements par mois (npm): 838
Téléchargements par semaine (npm): 67
Forks (GitHub): 5
Étoiles (GitHub): 21		 Non marqué

Chaque chiffre est celui de la place de marché et n'est jamais additionné entre places de marché. Une place de marché qui ne publie pas de chiffre n'en affiche aucun : pas de nombre ne veut pas dire zéro.

Également listé dans une place de marché communautaire
Place de marchéDépôtÉtoiles (GitHub)
ammawla ammawla/encode-toolkit 21

Quelles places de marché nous lisons et comment nous les vérifions

Ce que contient le lot

Tel que publié sur Community GitHub marketplaces.

Serveurs MCP: 1

  • encode-toolkit

Skills: 47

  • accessibility-aggregation
  • batch-analysis
  • bioinformatics-installer
  • cellxgene-context
  • cite-encode
  • clinvar-annotation
  • compare-biosamples
  • cross-reference
  • data-provenance
  • disease-research
  • download-encode
  • ensembl-annotation
Afficher les autres : 35
  • epigenome-profiling
  • functional-screen-analysis
  • geo-connector
  • gnomad-variants
  • gtex-expression
  • gwas-catalog
  • hic-aggregation
  • histone-aggregation
  • integrative-analysis
  • jaspar-motifs
  • liftover-coordinates
  • methylation-aggregation
  • motif-analysis
  • multi-omics-integration
  • peak-annotation
  • pipeline-atacseq
  • pipeline-chipseq
  • pipeline-cutandrun
  • pipeline-dnaseseq
  • pipeline-guide
  • pipeline-hic
  • pipeline-rnaseq
  • pipeline-wgbs
  • publication-trust
  • quality-assessment
  • regulatory-elements
  • scientific-writing
  • scrna-meta-analysis
  • search-encode
  • setup
  • single-cell-encode
  • track-experiments
  • ucsc-browser
  • variant-annotation
  • visualization-workflow

Commandes: 10

  • browse-files
  • cite-encode
  • compare-experiments
  • cross-reference
  • download-encode
  • log-provenance
  • manage-credentials
  • quality-check
  • search-encode
  • track-experiments

Agents: 7

  • atacseq-pipeline
  • chipseq-pipeline
  • cutandrun-pipeline
  • dnaseseq-pipeline
  • hic-pipeline
  • rnaseq-pipeline
  • wgbs-pipeline

Ce qui a changé

  1. Apparu sur une nouvelle place de marché : Community GitHub marketplaces
  2. Community GitHub marketplaces: apparu

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    par berntpopp · Serveur MCP

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Trouvés par le sens, et non par un code ou un dépôt commun : les plugins similaires restent des produits distincts, et ceci n'est ni un avis ni une recommandation.

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Ajoutez-le à vos projets et prouvez que vous le maintenez : un fichier dans son dépôt, un fichier sur votre domaine ou un enregistrement DNS. Vous recevez des alertes quand une marketplace le publie, le retire, change sa marque vérifiée ou ce qu'il demande, et son endpoint distant est surveillé comme un service web.

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Données issues de Official MCP Registry. Données issues de Community GitHub marketplaces. Les chiffres proviennent de nos propres passages réguliers sur les places de marché, dernière lecture le . Nous ne publions aucune coordonnée des éditeurs de plugins.

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