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ENCODE Toolkit

20 MCP tools + 48 skills for ENCODE Project genomics — search, download, pipelines

MCP-Server · von ammawla

Verbinden Vergleichen Beanspruchen

Überblick

ENCODE Toolkit ist ein MCP-Server von ammawla. Marktplätze, die wir lesen und die es listen: 2 (Official MCP Registry, Community GitHub marketplaces). Wir haben es erstmals am 2026-10-11 gesehen und seither keine Änderung erfasst. Stand unseres Marktplatz-Durchlaufs vom 2026-10-13.

Was es abfragt

  • Läuft auf Ihrem Rechner

Keiner der Marktplätze, die wir lesen, veröffentlicht seine Tools oder die abgefragten Einstellungen.

Was es deklariert, abfragt und ausführt, vollständig

Installieren Sie nur Plugins von Entwicklern, denen Sie vertrauen. Wir zeigen, was die Marktplätze veröffentlichen, und testen keine Plugins.

Paket

npm encode-toolkit (encode-toolkit auf npm)

  • npm-Downloads pro Woche: 67 (2026-10-13)
  • npm-Downloads pro Monat: 838 (2026-10-13)
  • Neueste Version auf npm: 0.3.4, veröffentlicht am 2026-09-21
  • Die angegebene Version 0.3.0-beta.5 ist auf npm nicht gelistet

Die npm-Angaben stammen aus dem öffentlichen npm-Register (registry.npmjs.org, api.npmjs.org). Jede Zahl gehört ihrem Register und wird nie mit einer anderen addiert. Ein Register, das keine Zahl veröffentlicht, zeigt keine: keine Zahl ist nicht null.

Funktioniert mit

  • Claude Code
  • Codex
  • Cursor
  • VS Code
  • Copilot CLI
In Cursor installierenIn VS Code installieren

Ein Ein-Klick-Link öffnet den Client, der vor dem Hinzufügen des Servers um Bestätigung bittet.

Nach den Marktplätzen, die ihn listen, und dem angegebenen MCP-Transport, wie jeder Client sie dokumentiert. Wir testen keine Plugins.

Verbinden

Befehle und Konfigurationen nur aus den Angaben der Marktplätze. Wir führen sie nicht für Sie aus und testen keine Plugins.

Als lokaler MCP-Server: npm-Paket

Erstellt aus den Angaben von Official MCP Registry.

Claude CodeTerminal
claude mcp add --transport stdio encode-toolkit -- npx -y encode-toolkit
Codex~/.codex/config.toml
[mcp_servers.encode-toolkit]
command = "npx"
args = ["-y", "encode-toolkit"]
Cursor~/.cursor/mcp.json
{
  "mcpServers": {
    "encode-toolkit": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "encode-toolkit"
      ]
    }
  }
}

Als Claude-Code-Plugin

Erstellt aus den Angaben von Community GitHub marketplaces.

Claude CodeIn einer Claude-Code-Sitzung
/plugin marketplace add ammawla/encode-toolkit
/plugin install encode-toolkit@ammawla

Wo es veröffentlicht ist

MarktplatzStatusVersionZahlenVerifiziertErstmals gesehen
Official MCP Registry (Eintrag in der Registry öffnen) Gelistet 0.3.0-beta.5 Downloads pro Monat (npm): 838
Downloads pro Woche (npm): 67
Forks (GitHub): 5
Sterne (GitHub): 21		 Nicht markiert

Jede Zahl stammt vom jeweiligen Marktplatz und wird nie über Marktplätze hinweg addiert. Ein Marktplatz ohne veröffentlichte Zahl zeigt keine: keine Zahl ist nicht null.

Auch in einem Community-Marktplatz gelistet
MarktplatzRepositorySterne (GitHub)
ammawla ammawla/encode-toolkit 21

Welche Marktplätze wir lesen und wie wir sie prüfen

Was das Paket enthält

So veröffentlicht auf Community GitHub marketplaces.

MCP-Server: 1

  • encode-toolkit

Skills: 47

  • accessibility-aggregation
  • batch-analysis
  • bioinformatics-installer
  • cellxgene-context
  • cite-encode
  • clinvar-annotation
  • compare-biosamples
  • cross-reference
  • data-provenance
  • disease-research
  • download-encode
  • ensembl-annotation
Weitere anzeigen: 35
  • epigenome-profiling
  • functional-screen-analysis
  • geo-connector
  • gnomad-variants
  • gtex-expression
  • gwas-catalog
  • hic-aggregation
  • histone-aggregation
  • integrative-analysis
  • jaspar-motifs
  • liftover-coordinates
  • methylation-aggregation
  • motif-analysis
  • multi-omics-integration
  • peak-annotation
  • pipeline-atacseq
  • pipeline-chipseq
  • pipeline-cutandrun
  • pipeline-dnaseseq
  • pipeline-guide
  • pipeline-hic
  • pipeline-rnaseq
  • pipeline-wgbs
  • publication-trust
  • quality-assessment
  • regulatory-elements
  • scientific-writing
  • scrna-meta-analysis
  • search-encode
  • setup
  • single-cell-encode
  • track-experiments
  • ucsc-browser
  • variant-annotation
  • visualization-workflow

Befehle: 10

  • browse-files
  • cite-encode
  • compare-experiments
  • cross-reference
  • download-encode
  • log-provenance
  • manage-credentials
  • quality-check
  • search-encode
  • track-experiments

Agenten: 7

  • atacseq-pipeline
  • chipseq-pipeline
  • cutandrun-pipeline
  • dnaseseq-pipeline
  • hic-pipeline
  • rnaseq-pipeline
  • wgbs-pipeline

Was sich geändert hat

  1. Auf einem neuen Marktplatz erschienen: Community GitHub marketplaces
  2. Community GitHub marketplaces: erschienen

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Produkte, deren eigene Namen, Beschreibungen, Werkzeuge und Skills diesem der Bedeutung nach am nächsten sind, auf allen Marktplätzen, die wir lesen. Die Nähe ist nur innerhalb dieser Liste geordnet.

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    von rewire-bio · MCP-Server

    Gelistet auf: Official MCP Registry · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

  • ontomics

    Index your codebase's domain knowledge. 20x fewer tokens, 10x faster.

    von EtienneChollet · MCP-Server

    Gelistet auf: Official MCP Registry · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

  • cxg-census-mcp

    MCP server for the CZ CELLxGENE Census. Single-cell, ontology-aware. Community, unaffiliated.

    von MaxMLang · MCP-Server

    Gelistet auf: Official MCP Registry · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

  • Bio-Data Parser

    Bioinformatics and genomic sequence parser for clinical research.

    von Evozim · MCP-Server

    Gelistet auf: Official MCP Registry · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

  • genefoundry io.github.berntpopp/genefoundry

    MCP gateway federating 22 biomedical MCP servers behind one endpoint: gnomAD, ClinVar, HPO, VEP.

    von berntpopp · MCP-Server

    Gelistet auf: Official MCP Registry · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

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    MCP server for tool discovery: find, compare, and verify tools across 35+ registries.

    von neurynae · MCP-Server

    Gelistet auf: Official MCP Registry · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

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    Look up genes, sequences, variants, homologs, and cross-database xrefs from Ensembl REST.

    von cyanheads · MCP-Server

    Gelistet auf: Official MCP Registry · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

  • mcp com.gencove.consumer/mcp

    Gencove consumer genomics: profile, kit status, ancestry, PRS, raw data. Requires Gencove auth.

    von consumer.gencove.com · MCP-Server

    Gelistet auf: Official MCP Registry · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

  • galaxy-mcp io.github.galaxyproject/galaxy-mcp

    MCP server for Galaxy bioinformatics platform - connect, execute tools, and manage workflows

    von galaxyproject · MCP-Server

    Gelistet auf: Official MCP Registry · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

  • codex-mcp-bridge io.github.hampsterx/codex-mcp-bridge

    Wraps Codex CLI as MCP tools: codex, review, query, search, structured, ping, listSessions.

    von hampsterx · MCP-Server

    Gelistet auf: Official MCP Registry · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

Ähnliche Plugins nach Marktplatz

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    von GhostlyGawd · MCP-Server

    Gelistet auf: Official MCP Registry, Community GitHub marketplaces · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

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    Complete toolkit for building Model Context Protocol (MCP) servers in Go using the official github.com/modelcontextprotocol/go-sdk. Includes instructions for best practices, a…

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    Complete toolkit for building Model Context Protocol (MCP) servers in Kotlin using the official io.modelcontextprotocol:kotlin-sdk library. Includes instructions for best…

    von Awesome Copilot Community · Plugin-Paket

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    Figma design platform integration. Access design files, extract component information, read design tokens, and translate designs into code. Bridge the gap between design and…

    von figma · Plugin-Paket

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    von Awesome Copilot Community · Plugin-Paket

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    von microsoft · Plugin-Paket

    Gelistet auf: Copilot CLI: github/copilot-plugins · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

  • canvas-apps

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    von microsoft · Plugin-Paket

    Gelistet auf: Copilot CLI: github/copilot-plugins · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

  • fabric-skills

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    von microsoft · Plugin-Paket

    Gelistet auf: Copilot CLI: github/copilot-plugins · Beschreibt eine ähnliche Aufgabe

  • azure-devops-copilot-plugin

    Bring Azure DevOps work-item, repository, and pull-request workflows into GitHub Copilot.

    von microsoft · Plugin-Paket

    Gelistet auf: Copilot CLI: github/copilot-plugins · Beschreibt eine ähnliche Aufgabe

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    von Cursor · Plugin-Paket

    Gelistet auf: Cursor: cursor/plugins · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

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    von Cursor · Plugin-Paket

    Gelistet auf: Cursor: cursor/plugins · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

  • Cursor SDK

    Build apps, scripts, and automations with the TypeScript SDK.

    von Cursor · Plugin-Paket

    Gelistet auf: Cursor: cursor/plugins · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

  • pstack

    if you want to go fast, go deep first. pstack helps you write less, but higher quality code. rigorous agent workflows you can parallelize with confidence.

    von Lauren Tan · Plugin-Paket

    Gelistet auf: Cursor: cursor/plugins · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

  • Tailscale

    Let Grok Bot reach MCP servers on your private Tailscale network. Sign in to Tailscale to connect your tailnet; Grok Bot joins it as one tagged device and only reaches the hosts…

    von Cursor · Plugin-Paket

    Gelistet auf: Cursor: cursor/plugins · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

Gelistet auf Docker MCP Catalog (5)

  • E2B

    Giving Claude ability to run code with E2B via MCP (Model Context Protocol).

    von e2b-dev · MCP-Server

    Gelistet auf: Docker MCP Catalog · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

  • Kagi Search

    The Official Model Context Protocol (MCP) server for Kagi Search & other tools.

    von kagisearch · MCP-Server

    Gelistet auf: Docker MCP Catalog · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

  • SonarQube MCP Server

    Analyze code quality and security with SonarQube Server or Cloud directly in AI assistants.

    von SonarSource · MCP-Server

    Gelistet auf: Official MCP Registry, Docker MCP Catalog · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

  • buildkite-mcp-server io.github.buildkite/buildkite-mcp-server

    MCP server exposing Buildkite API data (pipelines, builds, jobs, tests) to AI tooling and editors.

    von buildkite · MCP-Server

    Gelistet auf: Official MCP Registry, Docker MCP Catalog · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

  • Zen

    Bridges multiple AI models and CLIs, enabling orchestrated workflows across Claude Code, Gemini CLI, Codex CLI, and other AI development tools.

    von BeehiveInnovations · MCP-Server

    Gelistet auf: Docker MCP Catalog · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

Gelistet auf Official MCP Registry (5)

  • Genomics MCP

    Bounded genomic data from archives and indexed files, with versioned reference evidence.

    von rewire-bio · MCP-Server

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    MCP gateway federating 22 biomedical MCP servers behind one endpoint: gnomAD, ClinVar, HPO, VEP.

    von berntpopp · MCP-Server

    Gelistet auf: Official MCP Registry · Beschreibt nahezu dieselbe Aufgabe

Nach Bedeutung gefunden, nicht über gemeinsamen Code oder ein gemeinsames Repository: Ähnliche Plugins bleiben getrennte Produkte, und dies ist weder eine Bewertung noch eine Empfehlung.

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Fügen Sie es Ihren Projekten hinzu und belegen Sie, dass Sie es pflegen: mit einer Datei im Repository, einer Datei auf Ihrer Domain oder einem DNS-Eintrag. Sie erhalten Hinweise, wenn ein Marktplatz es aufnimmt, entfernt, sein Verified-Zeichen oder seine Anforderungen ändert, und sein Remote-Endpunkt wird wie ein Webdienst überwacht.

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Daten von Official MCP Registry. Daten von Community GitHub marketplaces. Die Zahlen stammen aus unseren eigenen regelmäßigen Durchläufen über die Marktplätze, zuletzt abgerufen am . Kontaktdaten von Plugin-Herausgebern veröffentlichen wir nicht.

Woher die Daten stammen: wie der Katalog entsteht